爭議中，台南新吉工業區環差案於6月底獲得通過建議，當時小組要求台南市補齊產業引進類別、廢水「零排放」與鄰近四草濕地保育計劃，再進大會確認。時隔不到2個月，27日的環評第267次大會上，即見此案送審，並確認通過。但當地居民與環團不只擔憂生態，該計畫用地本月才遭逢812水災，如今說要墊高，他們很擔心附近將面臨淹水命運。

新吉工業區起於1995年市長施治明的政策，經過多次變動，目前計畫開發面積為123.26公頃，估計提供9,935就業人口。但目前周邊有台江國家公園、台江文化中心、國立台灣歷史博物館等設施，且鄰近仍有未滿載的工業區，使得此案合理性遭民間質疑。經多次討論，南市提出廢水零排放、劃設環頸雉保護用地、排除電鍍業的產業類別調整等承諾。

南市府：引進低污染設施  保證廢水零排放

南市承諾，不會引進電鍍業，會將電鍍業集中在永康工業區的電鍍專區。除了倉儲、批發等低耗水低污染的設施外，包括鞋類、基本金屬、金屬製品、電子零組件、機械設備、汽車及其零件等製造業，都不得產生製程廢水。

再搭配增設環頸雉保育用地4.28公頃後，用水需求將大幅降低，從原訂的6,060CMD降為1,327CMD，而廢水經過超微過濾、逆滲透系統處理之後，將以澆灌、洗街、冷卻用水的方式再利用，來達到零排放。

開發工業區  市府保證免除淹水風險

對於民眾所擔憂的淹水問題，他們擔心工業區墊高後，鄰近地區將在大雨時面臨淹水風險，南市除了提出設置滯洪池因應，更承諾將以百年一次的400mm暴雨為基準，設計當地的排水系統，讓當地在工業區開發之後，反更能免於淹水。

南市環保局長張凰珍強調，市長賴清德上任後最重視治水問題，因此目前台南各地的淹水狀況都已改善。張凰珍指出，如南科、樹谷、安南等地的工業區皆有墊高，但搭配了相關排水設計，當地都沒有因工業區而淹水，這點請民眾放心。

先租後售  因應廠商囤地炒地

另有民眾抨擊，鄰近如永康與柳營工業區仍有閒置空間，才有多餘的水調配給新吉，質疑不該另外開發新吉工業區。對此，南市回應，該二工業區已標售完成，但的確目前國內各工業區都有「養地」等待炒作狀況，因此在新吉工業區，將以「先租後售」來因應。

也就是說，在廠商正式取得工廠營運許可前，市府僅會出租土地，廠商承租後，需在2年內完成建廠並展開營運，才能實際購得該地。南市希望此舉能杜絕廠商囤積土地的情況。

此案通過後，將由民間、公正人士與開發單位合組監督諮詢委員會，把關廢污水零排放、環頸雉保育與排水滯洪3個項目。

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